การจัดเก็บ file จากการ upload แบบ Multiple ( Performance )

จัดเก็บ file โดยการ  upload แบบ Multiple แบบไหนดีกว่าครับ ผมคิดได้แค่ 2 วิธี
      1. แยก Folder ตาม user เช่น
                นาย A upload 2 file จะเป็น
                upload/customer/0001/filecustomer1.pdf
                upload/customer/0001/filecustomer2.pdf
                นาย B upload 3 file จะเป็น
                upload/customer/0003/filecustomer1.pdf
                upload/customer/0003/filecustomer2.pdf
                upload/customer/0003/filecustomer3.pdf

      2. Folder เดียวแล้วตั้งชื่อให้สอดคล้อง id user เช่น

                นาย A upload 2 file จะเป็น
                upload/customer/0001-filecustomer1.pdf 
                upload/customer/0001-filecustomer2.pdf 
                นาย B upload 3 file จะเป็น
                upload/customer/0003-filecustomer1.pdf
                upload/customer/0003-filecustomer2.pdf
                upload/customer/0003-filecustomer3.pdf

**** สมมต 0001 กับ 0003 คือรหัส user

แบบไหนดีกว่ากันครับ ถ้าการ upload นั้นมีการอัพไฟล์มากกว่า 3 ไฟล์ขึ้นไป หรือมีวิธีแบบอื่นที่ดีกว่านี้ รบกวนด้วยครับ